福建福州自然保护区有两个：
1、雄江黄楮林自然保护区，国家级(1985年建区)：
1.地处福建省闽清县的西部，地理坐标北纬26°15′29″～26°22′41″、东经118°39′38″～118°51′19″，总面积12513.3hm2，其中：核心区面积4198.3hm2；缓冲区面积2224.9hm2；
2.保护区主要保护对象：以福建青冈林为代表中亚热带南缘基带常绿阔叶林森林生态系统、溪流类湿地生态系统、珍稀濒危野生动植物及栖息地、闽江水源涵养林。
2、福建长乐闽江河口国家湿地公园，国家级(2003年建区)：
1.位于福建省福州市长乐区潭头、梅花镇闽江入海口处，有河口水域、潮间带沙滩、红树林沼泽等7种湿地类型，是候鸟迁徙重要越冬地、水鸟集中分布区、众多珍稀濒危鸟种的栖息地，多项指标达到国际重要湿地标准。
2.省、市林业部门专家、学者多年的研究调查结果显示，闽江口湿地自然环境优越、生物多样性丰富、稀有物种众多，拥有动植物1084种，估计在此迁徙停歇的水鸟数量超过5万只。在2013年“美丽中国·湿地行”活动中被评为“中国十大最美湿地”。